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■ PEAK/IT ニ ュ ー ス 第269号 ■
関西情報技術士会広報委員会 発行
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★ Ｃ Ｏ Ｎ Ｔ Ｅ Ｎ Ｔ Ｓ ★
■関西情報技術士会 9月度総会
・日時 2011年 9月10日（土）13:00〜17:00
・場所 大阪産業創造館 会議室Ａ
・臨時総会 会長 岸田 昌巳
・講演１：Rによる計算機統計学
石井 一夫 技術士（生物工学）
・講演２：私の履歴書・技術編
竹野内 勝次 技術士（情報工学）
□PEAK/IT例会予定
[seperator]
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■臨時総会
会長 岸田 昌巳
１．活動指針
長期目標を「ものづくり／ヒトづくりで社会の役に立つこと」とする。
短期（1〜2）目標として、下記の「ヒトづくり」の施策を満たす組織になること
とする。
(1) 技術者としてのライフモデルを提示できる組織
スピンアウト／自営／コンサルタントなどへの道を提示できる組織
(2) 相互認証できる組織
自身や相手のレベルを認識し、目標となるヒトを発見する機会を提供
アドバイスの機会の増加（自身のレベルアップへの手がかりを得る）
講演のポイント、効果／価値を伝えられる講師教育の提供
(3) 自己研鑽の機会を提供する組織
内外に関わらず、より魅力的な講演を企画・提供
(4) 組織運営活動の改善
組織運営に係る時間の削減
短期目標達成のアクションプランとして、
(1) 技術者としてのライフモデルを提示できる組織
【アクションプラン】
・スピンアウト／自営／コンサルタントなど、実現された方の講演を実施
・参入するべき事業企画案の作成（プロジェクトを立ち上げ実施）
(2) 相互認証できる組織
【アクションプラン】
・メンバーの新規増強（６０名⇒８０名）
・会友から会員への復帰
・月例会において、２講演／１講演指導（技術士補）の実現
(3) 自己研鑽の機会を提供する組織
【アクションプラン】
・PEAK/ITとして、特徴をだせる講演についての検討
(4) 組織運営活動の改善
【アクションプラン】
・WBSの作成／スケジュールの見直し／マニュアル化
・課題の洗い出し・解決
各アクションプランの予算に予算を割り当て、実施する。
質疑応答
Ｑ 新規活動が3点くらいあげられて、予算がつけられているが、その予算は何
のためのものか。
Ａ 打ち合わせの場所代の補助である。回数を予定しているので、総額としては
大きくなっている。
Ｑ 無料の場所が借りられれば、金額としては安く出来るのか。
Ａ 可能であればありがたいが、就業後に集まることを考えると、難しそうであ
る。月1回程度を想定している。
Ｑ 会議した場合は、簡単なメモでもよいので、記録を残していただきたい。
Ａ それは当然である。
Ｑ 合格祝賀パーティなど、明るい集まりも企画していただきたい。
Ａ 勉強会の予算に追加することも可能だと思う。
Ｑ プロジェクトという形式の中で、役員会的な活動も含まれるのではないかと
思うがどうか。
Ａ 広い意味ではそうなる。役員の誰かはプロジェクトに加わるようにしている。
採決
拍手により承認された。
２．監査報告
監査役より報告2010年度の会計監査の報告が行われた。取引記録、通帳残高残
高などを確認の結果、問題なかったことが報告された。
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■Rによる計算機統計学
講演：石井 一夫 技術士（生物工学）
広報：中山 真吾
◯導入
ヒトゲノム計画により、ヒトの遺伝情報の全貌が明らかになった。現在は、ヒ
ト以外の生物でも解析が進んでいる。その後、マイクロアレイや次世代シーケン
サーと呼ばれる機器が開発され、生物学分野で大量の遺伝情報が日常的に解析で
きるようになった。この大量データの解析には情報技術が欠かせないが、その際
にフリーの統計解析環境Rの導入がなされデータ解析を行われることが多い。今
回は、Rを用いた計算機統計学とそのゲノム分野への導入内容について紹介する。
◯生物を構成する分子とそのゲノムワイドな解析方法
遺伝子は、ヒトの場合であれば約3〜4万以上の種類あるといわれている。遺伝
子DNAの情報を転写することでRNAが合成される。そのRNAについても、約3万〜4
万種類以上存在する。さらにRNAが翻訳されるとタンパク質が生成される。タン
パク質については約10万種類存在する。
こういった、RNAやタンパク質を１個ずつ解析するのではなく、まとめて網羅的
に解析することで病気の診断や、治療に役立てようとしている。農学の分野では、
育種すなわち稲の品種改良、牛や豚の品種改良にも役立てることができる。
これらの細胞内の遺伝子発現量を測定するために、従来は、DNAマイクロアレイ
を使用していたが、つい最近になり、次世代シーケンサー（NGS）という装置が
出てきており技術革新が起きている。
当初、マイクロアレイといわれる分析機器の生物学的解析のために、統計解析環
境Rがバイオ分野で導入されてきた。
◯DNAマイクロアレイによる遺伝子発現の解析
マイクロアレイはRNAを分析する装置で、ガラス盤の上にDNAの断片を貼り付け
ておき、そこに取得したRNAをDNAの形（cDNA）に変えて、蛍光標識させておく。
両者を混ぜることにより、それらが結合されて視認することができる。そこで、
画像解析（スキャナ）で蛍光の強さを測ると多数の種類のRNAを網羅的に測ると
ができる。
○次世代シーケンサー（2008〜）
2008年にマイクロアレイよりも高性能な装置が出現してきた。これは、次世代
シーケンサーと呼ばれている。マイクロアレイは数百から数千のRNAを計量でき
るが、次世代シーケンサーは、数千万から数億個のDNAの断片を分析することが
できる。したがって、ヒトゲノム（30億塩基対）を数日で解析することが可能に
なる。
10年前までは、ヒトゲノムの解析に10年程かかっていたのが、次世代シーケン
サーを使用すると１週間程で分析できる。
主な次世代シーケンサーとしては、Roche FLX 454、Illumina GAIIx、ABI SOLiD
の３種類があり、現在、演者の勤務している大学ではIllumina GAIIxを１台使用
している。
○パーソナル次世代シーケンサー
次世代シーケンサーは改良が進んでおり、Illumina HiSeqではIllumina GAIIx
の約10倍の性能が出ている。中国はゲノム解析のために、今年Illumina HiSeqを
約130台購入してデータ解析を始めており、日本は海外に遅れを取っている。日
本の現状は、中国に負けており、インドやシンガポールなどにも押されている。
また、Illumina MiSeqなどの卓上の機械が昨年発売されている。この卓上サイズ
でも１個体のゲノムを数週間で解析できてしてしまう可能性がある。これにより、
ある病院に行った際に、癌に使用する薬が効くかどうかの遺伝的情報を網羅的に
調べようとすると数日で解析することが可能な時代になりつつある。
○半導体シーケンサー イオントレント PGM
2011年７月にNatureで発表された半導体シーケンサーは、幅50cmの小型サイズ
であるにもかかわらず、従来の次世代シーケンサーと同等の性能を満たすことが
できる。同じく7月に発売されているイオントレントの半導体シーケンサーは、
DNAを調べるために相補的な遺伝子をヌクレオチドの形で１個ずつ結合させるこ
とでイオンを発生させて、そのイオンを電気的に測るという仕組みである。その
際に、１個１個の半導体の溝の中に、DNAを入れてDNAを反応させると、イオンが
発生するため、その電荷を自動的に検出して測定する。なお、その半導体チップ
は１つあたり5万円〜10万円程度である。
○生物学的データの網羅的解析
生物学的データの網羅的解析する方法としては、機械（シーケンサー）から取得
したデータを解析する。その後、データベースに登録して正規化・補正をして、
必要なデータを抽出する。その後、データマイニングを実施し視覚化できるよう
に変換する。
ツールとしては、データベース管理システム、統計解析ソフトR、視覚化ソフト
を使用しており、これらを組み合わせて解析する。
○データ解析環境R
1990年代にニュージーランドオークランド大学のR.IhakaとR.Gentlemanにより開
発された。Rは、フリーでオープンソースソフトウェアである。Rは、AT&Tベル研
究所で開発された統計言語Sに似せて作られている。動作環境としての対象OSは、
Unix、Windows、Macである。現時点での最新バージョンは2.13.1である。
○データ解析の全体像
生データを解析できるようにデータ補正を行う。その後、決定木、主成分分
析、クラスター解析などの解析を実施し、判別分析やサポートベクトルマシンと
いった方法で識別を行う。
○Bioconductor
生物学分野ではRをベースとするバイオのデータ解析用の統合ソフトウェアであ
るBioconductorがよく使われている。Bioconductorは、Rがメジャーになるきっ
かけとなったパッケージである。
『Bioconductorとは』
・統計とグラフィックスのフリーソフトウェア環境Rのためのゲノムスケール
データの解析パッケージ集。
・R の共同開発者である Robert Gentlman (Genentech） を中心にして 2001 年
ごろから開発されている。
※ゲノムスケールデータとは、マイクロアレイやSAGEなどによる大規模遺伝子発
現プロファイル、SNPデータ、質量分析データ、ゲノム配列や遺伝子アノテー
ション、タンパク質相互作用データなどが含まれる。
『Bioconductorの特徴』
Bioconductorプロジェクトの特徴は以下である。
・R を利用している
・実験の再現に十分なドキュメントを提供している
・統計手法と可視化手法
・アノテーションとメタデータ
・ショートコース
・オープンソース
・開かれた開発
○R+Bioconductorの機能
R+Bioconductorの主な機能は以下である。
・データのインポート
・データの正規化（ノーマライゼーション）
・変動解析
・染色体上へのプロット
・アノテーション（データの注釈）
・ビジュアル化
○R+Bioconductorの用途
R+Bioconductorの用途としては以下が挙げられる。
・DNAマイクロアレイのデータ解析
・細胞実験のデータ解析
⇒プレートリーダ、FACS、顕微鏡画像
・プロテオミクスのデータ解析
⇒SELDI-TOF-MASS
・次世代シーケンサのデータ解析
○Bioconductorのライブラリ
参考までに、Bioconductorのライブラリを紹介する。
データの読込と正規化は、Affy、BioBaseを使用する。
発現変動解析では、multtest、geneplotterを使用する。
アノテーションに関しては、annotate、geneplotter、genefilterを使用する。
cDNAデータの取り込みと正規化については、marrayClass、marrayInput、
marrayNorm、BioBaseを使用する。
次世代シーケンサーでの解析は、baySeq、DESeq、DEGseqを使用する。
○大阪府立成人病センター研究所での事例
これらの解析技術を癌の免疫療法で応用した。（2003年〜2005年）
一般に、癌にかかると免疫力が落ちて抵抗力がなくなる。そこで、患者に最も効
果のある薬剤を調べて投与することで、がん患者の免疫を向上させることができ
る。その結果、延命効果が期待できる。
癌の免疫療法には以下のような方法がある。
１つ目の手法としては、リンパ球療法であり、患者のリンパ球を採取後、癌を死
滅させるLAK療法、TIL療法、養子免疫療法、ペプチドワクチンなどを採用してリ
ンパ球を元気な状態にして患者に戻す。
２つ目の手法としては、自然免疫療法である。よく使われるのがキノコの繊維や
結核菌の成分を癌患者に投与することで、免疫を刺激して患者の抵抗力をあげる。
本研究では、自然免疫療法を対象にマイクロアレイで取得したデータを用いて、
R+Bioconductorで分析を実施した。
○まとめ
フリーでオープンソースの統計解析環境Rを用いて、臨床データの大量解析を
行った。
Rは、バイオインフォマティクスだけでなく、マーケティング、ビジネス解析、
GIS、環境アセスメントなど、多方面に応用が可能である。
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■私の履歴書・技術編
講演：竹野内 勝次 技術士（情報工学）
広報：山田 雄一
◯はじめに
私の履歴書を書きたいと思っていたが、全ては書き切れないので技術編に絞っ
て記載をしてみた。昔の話になると、ほぼ50年前となってしまい、時代が違うよ
という意見もあるかもしれないが、お付き合い頂ければ幸いである。
◯大学時代
大学では面白い分野を色々学んだ。個体物理、電子回路(増幅器・フリップフ
ロップ回路）にも惹かれるものがあったが、その後に学んだ演算工学（論理回路
学）で、ディジタル計算機の論理設計を学び、卒業研究ではRAYDAC-�兇力斥�設
計と組み立て、テストを行った。機能としてはシンプルなもので、次の様な仕様
であった。
・数式をそのまま入力できる。”=“キーで、答えを出す。
・プッシュダウン・ポップアップALUで計算式を解析する。
・2進加算機、10進加算機を内蔵している。
・入力出力変換機構(タイプライター入力、ニクシ―管出力）を備え、
入出力できる。
なお、この研究はシャープとの産学共同研究であった。シャープ社では、コン
ペットを昭和39年に販売した。(当時の価格で535,000円当時の1,300ccクラスの
一般乗用車とほぼ同等の高額な製品であった。）
また、大学院生のＩＥＥＥ論文・輪読会にコピー係として参加させてもらってい
た。そこでビット誤り検出訂正符号やマイクロプログラミング、近畿日本鉄道の
自動改札のコード体系設計など、当時の最先端の技術を学んだことが後に生きた。
◯IBM 千鳥町・藤沢工場時代
・System/360(第３世代コンピュータ）の製造要員
製品技術部に配属され、技術資料の日本での発行を担当した。また、LABと工場
の橋渡し役として働いていた。当時、町工場から世界標準工場への転換（Single
Level Engineering）が求められており、機械部品から電子部品へ基幹部品が置
き換わるタイミングであった為、先輩に聞いてもわからない事が多く、LABにテ
レックスを用いて確認する事で仕事をすすめる必要があった。
当時は仕事（月〜金の昼間）では
EC（技術変更）の発行を行っていた。
BM（部品表）の入力シートの転記や図面の英文和訳・インチ／ミリ換算
ENG SPECの和訳・JIS規格への変換を行った。
また、自己勉強（平日夜・土日）では
大量の英文マニュアルと格闘し、回路のロジックやマイクロ・プログラム・
ダイアグラム メンテナンス・プログラム・リストを必死に読んで勉強し、周り
のメンバーに教えていた。
・第３世代とは
当時の呼び方で、使っているパーツによって分かれる。
第１世代 真空管
第２世代 トランジスター
第３世代 IC（システムアーキテクチャ）
第3.5世代 LSI（仮想空間・仮想機械）
第４世代 VLSI
第５世代 ？
また、第３世代までは磁気コアメモリを用いていた。現在用いられている半導体
メモリが使われ始めるのも第3.5世代以降の話である。
・System/360アーキテクチャー
第２世代から第３世代への変化に伴い、以下の様な技術革新があった。
・直列処理から並列処理（演算処理とIO処理）へ
・データの単位がキャラクター（6Bits）からバイト（8Bits）へ
・直接アドレス方式から、間接アドレス方式へ
・L/E（リンケージ編集・リロケーション）の実装
・（本格的な）OS（SuperVisor）
・割り込み処理の実装
・マルチタスキング・スケジューラーの実装
・JCL（実行時にリソース・アサインを行う）
現代のコンピュータのベースは第３世代で確立されたと言える。
・海外出張
製造及びテストの勉強に海外出張
1967年、S360/20 DISK システム
サンノゼ工場およびバークレー工場
S/3 CPU設計に参加
1968〜1969年
ロチェスターシステム開発研究所
製造およびテストの勉強に海外出張
1970年、S/3 DISK システム
サンノゼ工場およびフロリダ州ボカラトン工場
・ソフトウェア技術者への転向
当時、アメリカの専門誌に「ハードウェア限界説」の記事が頻繁に出ており、
アメリカ出張が多かったこともありそういった情報を目にする事が多かった。例
えば、スイッチング スピードの問題があり、当時、マイクロ秒からナノ秒への
時間単位の変化に伴い、例えば1n秒は電子の伝搬速度では30cmであるため、結線
の長さすら、問題点になる。との観点から限界が囁かれていた。また、電子・磁
気密度の限界などの話もあった。そして、これからは、ソフトの時代が到来する
と騒がれていた。そのため、私もソフトウェア転向の希望を出した。１度遺留さ
れたが、1年後に、転向する事ができた。
◯IBM 大阪DCS・ISS・SI時代
SEトレーニーからやり直しとなった。
公害問題・四日市ぜんそくが社会的問題となっており、石油製油所に脱硫装置の
設置が義務付けられた。脱硫装置の運転実績を収集して早くデータを提出すると
補助金がもらえる当時の社会的事情から、ハードのわかるSEが必要であったが、
そういったことができるメンバーがおらず、白羽の矢が立った。SEトレーニー中
に抜擢され、研修中断してIBM1800（プロセス制御専用機種）のドイツ製のソフ
ト、ADEP-�兇硫�造に従事した。
その後、データセンターで科学技術計算に従事、橋梁の強度計算や各種シミュ
レーション、プリント配線、電子回路設計などを行った。
・アンバンドリング
当時、コンピュータにおけるソフトウェアはハードウェアにくっついてくる
おまけであり、無料にて提供されているものであったが、1972年にIBMが世界で
初めて、アンバンドリング（ソフトウェアを有料でサービス）を発表した。これ
に伴い、新組織が発足し、石油製油所での経験が買われて異動になった。
・四国電力 系統制御システム
カラーディスプレイのI/Oドライバーの組み込み
EXCP。SVC、CCW（I/Oコマンド）OSニュウクリアス（カーネル）にLK/EDして組み
込んだ。ＩＯドライバを自前で書く必要があったため抜擢され、スケジュー
ラー、タスク・スイッチング、DI/DOのコードを書いた。業務アプリとしては、
AFC、SELD、融通補正、事故記録などがあった。これにより、OSの隅々まで知る
ことができ、ソフト技術者として大きな財産となった。
当時、このカラーディスプレイは、世界に2セットしかなく、NASAヒューストン
と四国電力のみで、ある日、ヒューストンからハードのSPEC変更をしたいが、そ
ちらに影響がないか問い合わせてきたこともあった。
この後も、こういった大企業の本邦初のシステムを次々に手掛けていった。
当時は複数のプロジェクトを西日本全域で掛け持ちで受け持っていた。また、当
時多忙な仕事や出張で飛び回っていたさなかに技術士試験にも合格した。
・石油製油所、データハイウェイ設計製作
・石油プラントの増設
・電力会社、営業・配電システム
・電力会社、料金システム
・セメント工場
・損保会社の自動車保険DBシステム
・損保会社の火災保険オンラインシステム
・構造化設計、構造化プログラミングを推進（SP-COBOL）
・地方銀行の勘定系オンラインシステム
・電力会社の系統制御システム（完全二重化システム）
・プログラム開発の標準化
・自動車の開発・製造・販売の統合OAシステム（苦情処理システム）
・イメージ処理
・日本語文書処理
・データベース
・文献検索処理
・遠隔操作（CICS）
SRI NewYork
コンピュータ・サイエンス
マイクロコンピュータ
AI
AIの応用研究（英語の和訳）
情報処理学会全国大会で、論文発表
AIの応用研究
また、講演資料を次のURLにアップロードしているので参考にして頂ければ幸い
です。
http://www.takeno.com/peak/2011-0910.htm
講演者の時間管理が悪くて、講演の時間が大幅に伸び、後半を大幅に端折ってし
まったことを、お詫びいたします。プロジェクト管理の仕事やその心得、、独立
開業の課題、コンサルタントの心得、技術書出版について、サイエンスカフェ、
大学講師などの話題が、話せませんでした。深く反省しております。
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□ Ｐ Ｅ Ａ Ｋ ／ Ｉ Ｔ 例会予定
○１０月度例会
日時：２０１１年１０月 ８日（土）13:00-17:00
場所：日本技術士会 近畿本部 会議室
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○２０１１年 秋季オープンフォーラム
日時：２０１１年１１月１２日（土）13:00-17:00
場所：大阪産業創造館 会議室Ａ・Ｂ
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○１２月度例会
日時：２０１１年１２月１０日（土）13:00-17:00
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○１月度総会
日時：２０１２年 １月１４日（土）13:00-17:00
場所：大阪産業創造館 会議室Ｂ
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○２月度例会
日時：２０１２年 ２月１０日（土）13:00-17:00
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■ＰＥＡＫ／ＩＴ 関係 ＵＲＬ
・PEAK/IT ホームページ
http://www.peak.gr.jp/
・PEAK/ITニュース バックナンバー
http://www.peak.jp/xoops2/modules/d3blog00/
・PEAK/IT Twitterアカウント（@peakit_pej）
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関 西 情 報 技 術 士 会 （ＰＥＡＫ／ＩＴ）
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